1928年10月，周恩来从莫斯科回到上海，在这以后的一段时间里，是中共中央工作的实际主持者。朱毛红军的生存与发展，一直是周恩来萦系心头的大事。因为他也是这支部队的创造者之一。许多他曾经的部属，都是这支红军的中坚骨干。他为这支英雄部队的每一次胜利而兴奋不已，为部队遭受的挫折而焦虑不安，无时不在关注着他们的行踪与成败。

　　得知朱毛红军在创建闽西革命根据地迭获胜利的形势下，红军党内在关于军队建设问题上产生了不同意见而纷争不息，周恩来忧心忡忡。他详细地听取陈毅的口头汇报，又阅读了陈毅的5份书面报告之后，对于红军党内关于人民军队建设的理论和争论的不同意见，有了充分的理解。接下来的问题是，如何提出红军下一步的行动以及如何化解红军党内分歧，指导这支队伍更加健康地成长，使之成为人民军队建设的典范，中共中央必须有一个权威而明确的答复。历史的命运似乎已经决定，能够承担这一责任的，只有周恩来。

　　鉴于红四军问题关系重大，中共中央政治局作出安排，由政治局常委秘书长兼中央组织部长、军事部长周恩来和另一名常委兼中央宣传部长李立三，同陈毅一起组成三人委员会，周恩来为召集人，研究讨论红四军的问题。三人经过反复研究分析，探求解决的办法，形成了统一的意见，由周恩来向陈毅作了详细的阐述，要求陈毅代中央起草了给红四军前委的指示信。这封指示信共9个部分，每个部分都十分重要。特别是其中关于农村红军发展在中国革命中的地位和作用、红军的任务、红军党的组织原则与领导、红军党内错误思想等方面的指示，对于解决红军当前实际问题的作用尤为突出。

　　周恩来认为“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物”，不容怀疑，否则就是脱离实际的十分危险的“取消观念”，应当予以坚决斗争和肃清。周恩来还认为，红军的任务有三，即发动群众斗争实行土地革命以建立苏维埃政权；武装农民实行游击战争，并扩大红军；扩大游击区域及影响于全国。如果红军不能实行这三个任务“则与普通军队无异”；周恩来强调，必须坚持党对军队的领导，但必须着眼于红军政治、军事、经济及群众斗争的领导，不要提“党管一切”，避免包办一切；周恩来又指出，红军存在各种非无产阶级思想，这是因为党内同志理论水平低，党的教育缺乏，“这些观念不肃清于红军前途有极大危险，前委应坚决以斗争的态度来肃清之”。

　　周恩来特别强调，纠正党内错误倾向，必须“从政治上指出正确路线”；指出红军党内存在有削弱党的领导，助长极端民主化以致是非不分的错误，要求纠正各种错误倾向；恢复并维护朱德、毛泽东两位同志在群众中的威望，毛泽东重回前委，仍应为前委书记。

　　周恩来把这封指示信交付陈毅，要他马上出发带回红四军，召开一次党的会议，统一思想，分清是非，作出决议。正是这封“九月来信”，在历史发展的重要关头发挥了关键的作用，指出了红军存在的问题，解决了红军党内在一系列重大问题上的矛盾与争论，加强了红军党内的团结，确立了党对人民军队领导和民主集中制原则，支持了毛泽东关于人民军队建设的重要理论，为古田会议的召开指明了方向，提供了思想武器。周恩来虽然没有来到古田会议的会场，古田会议决议却刻下了他的功勋：“大会根据中央九月来信的精神，指出红四军党内各种非无产阶级思想的表现、来源及其纠正的方法，号召同志们起来彻底地加以肃清。”