１９３９年５月，陈潭秋取道新疆回延安，在新疆迪化（今乌鲁木齐）接到中共中央的电示，让他留在新疆接替邓发任新疆代表和八路军新疆办事处负责人。
　　此前新疆的地方军阀盛世才伪装进步，藉以骗取苏联的援助和中国共产党的支持。中国共产党从抗日的大局出发，应盛世才的邀请，自１９３７年起，陆续派出一批干部到新疆工作，帮助盛世才制定了“反帝、亲苏、民平、谨廉、和平、建设”的六大政策，使新疆的政治日益走向进步，经济文化建设得到较大的发展。然而，到了１９３９年，国际上，德苏战争爆发，苏联初战不利，大片国土沦入纳粹德国之手，日本的关东军也蠢蠢欲动，多次在中国东北、内蒙的中苏边界向苏军挑衅，使首鼠两端的盛世才感到苏联危在旦夕，不足依靠，己没有利用的价值；在国内，蒋介石发动了第一次反共高潮，国共合作面临破裂的危险。
　　面对国际国内形势的变化，盛世才日渐脱去其伪装，露出反动的真面目，不断制造事端，恶化与中国共产党和苏联的关系，陈潭秋就是在这个恶劣的政治环境中，接过重担，根据中共中央关于“坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退”的方针，与盛世才进行了艰巨而坚决的斗争。为了工作的方便，陈潭秋化名为“徐杰”，他首先重点抓“新兵营”的军事训练，给战士们上政治课、党课，讲党的历史，提高他们的军事技能和政治觉悟。到１９４０年初，在陈谭秋的周密安排下，“新兵营”３００多名指战员安全返回延安。他们大都是西路军保存下来的身经百战的红军战士，到延安后立即奔赴各抗日前线，为前线充实了指挥人才和战斗力量。同时，陈潭秋非常注意健全党的组织生活，把分散在新疆各地的党员按地区成立党小组，加强对党员的思想教育和时事教育，增强党员的凝聚力和战斗力。
　　在维护抗日民族统一战线问题上，陈潭秋与盛世才进行了有理有节的斗争。他把《新疆日报》作为宣传马克思主义、宣传中国共产党抗日民族统一战线政策的阵地，亲自审定报社的工作计划，对重要的文章、社论亲自审阅批改，并大量采用新华社和塔斯社的电讯稿，指出只有团结抗日才有出路。《新疆日报》还经常刊登毛泽东、朱德等中共领导人揭露国民党反动派发动反共高潮的文章。陈潭秋自己还亲自撰写重要的文章和社论，对盛世才制造的反共反苏阴谋予以坚决的揭露和批判。“皖南事变”发生后，为敲山震虎，陈潭秋起草了抗议国民党反共的通电，迫使盛世才同意在《新疆日报》上发表。
　　鉴于盛世才的反动本质己不可改变，为了保存党的力量，陈潭秋陆续安排大批干部回延安。逃脱盛世才魔掌的重要干部有曾三、沈雁冰、黄火青等，他们在日后的革命斗争和新中国建设中作出了重要的贡献。而陈潭秋自己却多次谢绝同志们劝他转移的建议，始终坚守战斗岗位，处龙潭虎穴而不惊，体现出一名共产党员高度的组织纪律性和大无畏的革命精神。
　　１９４２年，随着国际国内形势的进一步动荡，盛世才加快了反共反苏的步伐，完全投向蒋介石的怀抱，竟在家中将同胞兄弟、亲苏拥共的机械化旅旅长盛世骤暗杀，上演了一出手足相残的人间悲剧，亦充分暴露出了他凶残无情的豺狼本性。陈潭秋将盛世才这一反苏反共的信号迅速向党中央汇报，建议中央“须作必要的准备，以应付新的可能的事变。”５月８日，中央电示陈潭秋，同意撤退一部分同志，同时指示他领导一时无法回延安的同志坚持斗争。
　　考虑到随时有被捕的危险，陈潭秋在党内的整风运动中特别注重对党员进行革命气节的教育，鼓励大家学习国际共产主义战士季米特洛夫在敌人法庭上大义凛然的英雄气概，学习夏明翰烈士追求真理、宁死不屈的献身精神，学习文天祥碧血写汗青的浩然正气，坚定了同志们的革命信念。
　　１９４２年６月底至７月上旬，中央数次电示陈潭秋，同意在新疆的党员全部撤走。
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　　然而当时到延安的交通己被国民党封锁，只有先撤往苏联。陈潭秋根据中央指示，一面与苏联驻新疆领事馆联系，一面制定撤退计划。他决定分三批撤退：负责干部和航空队先撤，老弱病残和干部家属、子女第二批撤，他自己和办事处的少数工作人员最后撤。其他同志要求陈潭秋第一批走，但陈潭秋却坚持要留下，他说：“党交给我的任务，是把大家全部安全地撤出去，只要这里还有一个同志，我就不能走！”他勉励办事处的同志要坚守工作岗位到最后。
　　９月１７日，盛世才派军警将陈潭秋、毛泽民、林基路及中国共产党在新疆的全部人员和家属共６０余人软禁起来，制造了震惊中外的“新疆事件”。
　　陈潭秋向盛世才写了一封义正词严的抗议信，要求他释放所有被抓的人员。然而盛世才反意己决，反而把陈潭秋等投入迪化第二监狱。陈潭秋领导狱中的同志坚持斗争，保持高度的警惕，嘱咐他们坚定革命信念，不被敌人软化，提出“百子一条心，集体回延安”的口号，誓不屈服敌人的淫威。他鼓励妻子王韵雪绝不要暴露身份，更不能砧污共产党员的光荣称号，要贞守党的立场。
　　狱中，盛世才对陈潭秋使尽“坐飞机”、“压大杠”、“灌辣椒水”等酷刑，逼他招供子虚乌有的“共产党四·一二阴谋暴动”案。陈潭秋坚贞不屈，断然予以否认。他历举中国共产党帮助新疆发展经济，革弊布新所取得的巨大成就，痛斥盛世才投靠蒋介石卖友求荣，祸害新疆的叛徒行径，令敌人无计可施。
　　中央得知陈潭秋等被捕后，立即开展营救工作。中共中央书记处致电在重庆与国民党谈判的周恩来，要他在与张治中谈话时，提出释放被盛世才扣留的余杰（陈潭秋）等１４０人的要求，准许他们经兰州、西安回延安。
　　１９４３年９月２７日，一轮落日久久不愿西沉下去，把余晖撒在大漠戈壁上，用最后一抹阳光给天山峰顶千年不化的冰雪披上绚丽的外衣。渐渐地，大地归于沉寂。天黑如墨，见不得阳光的魔鬼藉着这沉沉的黑夜，伸出邪恶的双手，想扼杀人间的光明、正义，主宰暗无天日的世界。当天晚上，敌警务处长李英才带着几个刽子手来到狱中，李英才假惺惺作最后的劝降，遭到陈潭秋的痛斥。恼羞成怒的李英才指使歹徒一踊而上，对陈潭秋拳打脚踢。
　　陈潭秋刚喊声“中国共产党万岁”即被棍棒击昏，惨无人道的刽子手把用酒精浸泡过的黄裱纸蒙在陈潭秋的脸上，再用细麻绳将他活活勒死。
　　“我死后要化作一黄土，铺在通向胜利的路上”。陈潭秋用他的鲜血和生命在茫茫沙漠中浇灌出一片生命的绿洲。
来源：《中华长江文化大系》